9月16日0—24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例84例。其中境外輸入病例22例（云南16例，河南2例，廣東2例，上海1例，浙江1例），含2例由無癥狀感染者轉為確診病例（浙江1例，河南1例）；本土病例62例（福建61例，其中廈門市31例、莆田市28例、泉州市1例、漳州市1例；云南1例，在德宏傣族景頗族自治州），含1例由無癥狀感染者轉為確診病例（在福建）。無新增死亡病例。新增疑似病例2例，均為境外輸入病例（均在上海）。

當日新增治愈出院病例45例，解除醫學觀察的密切接觸者661人，重癥病例較前一日增加1例。

境外輸入現有確診病例587例（其中重癥病例3例），現有疑似病例2例。累計確診病例8754例，累計治愈出院病例8167例，無死亡病例。

截至9月16日24時，據31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告，現有確診病例916例（其中重癥病例5例），累計治愈出院病例90025例，累計死亡病例4636例，累計報告確診病例95577例，現有疑似病例2例。累計追蹤到密切接觸者1177935人，尚在醫學觀察的密切接觸者15875人。

31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增無癥狀感染者20例，其中境外輸入14例，本土6例（均在福建莆田市）；當日轉為確診病例3例（境外輸入2例）；當日解除醫學觀察12例（境外輸入11例）；尚在醫學觀察的無癥狀感染者378例（境外輸入359例）。

累計收到港澳臺地區通報確診病例28327例。其中，香港特別行政區12149例（出院11862例，死亡213例），澳門特別行政區63例（出院63例），臺灣地區16115例（出院13742例，死亡839例）。